Письмова згадка про стару церкву та будівництво нової збереглася в церковному літописі, автором якого був краєзнавець і етнограф, місцевий священик М.М. Мотилевич. Він писав, що стара служила із 1777 року. На будівництво нової за період із 1882 року по 10 листопада 1894 року було зібрано 2253 крб., які зберігалися в Бердичівській ощадкасі Держбанку. Дозволивши будівництво нової дерев'яної церкви, митрополит Київський і Галицький Іоанній виділив 5 тисяч карбованців дотації. Проект на 900 прихожан розробив архітектор С. Рикачов.

Закладання церкви 11 травня 1899 року освячували священики місцевий, а також бистрицької, хажинської, великонизгірєцької церков і диякон бердичівської Троїцької. Товариство місцевих прихожан взяло на себе поставку деревини на зруб і каміння для фундаменту. Загалом будівництво обійшлося в 21678 карбованців. Воно було закінчене 28 квітня 1901 року, тобто велося неповних два роки.

Крім прихожан, у спорудженні та устаткуванні церкви активну участь взяли заможні люди з навколишніх сіл та міст.

"1890-го року, місяця липня, 10-го дня пожертвувана Дарохранительниця срібна, визолочена начальником Чернігівської Житомирської залізничної контори Олександром Григоровичем Афанасьєвим вартістю 80 карбованців. Поміщиця села Фридрова Ганна Михайлівна Вовінова подарувала чашу-звіздницю і ложку срібну загальною вартістю 200 карбованців".

Збереглися прізвища усіх духовних пасторів маркушівчан, починаючи з кінця 18-го століття – Данило і Михайло Ярмолинські, Іларіон Брояновський, Григорій Ящуринський, Василь Шиманський, Петро Каторовський, Михайло Тукало, Михайло Мотилевич, який одержав тут приход у 1876 році і тримав його до смерті в 1910-му.

За його ініціативи і під безпосереднім керівництвом у вересні 1901-го року в Маркушах було введено в дію однокласну церковно-приходську школу, приміщення якої на початку 20-х років служило клубом, а невдовзі й бібліотекою. За ревне піклування про освіту дітвори цей панотець відзначався преміями, Архіпастирським благословенням, "Біблією". В червні 1892 року його по сумісництву було призначено наглядачем церковно-приходських шкіл 1-ої округи повіту, а невдовзі й наглядачем усього повіту.

Сталінська м'ясорубка не обійшла і село. В числі 14-ти репресованих був також священик Гервасій Синячевський, якого розстріляли у 1937-му.

Уцілівши в часи розгулу репресій, церква зазнала нищівних руйнувань під час війни. 9 липня 1941-го від прямих попадань снарядів було вщент зруйновано східний купол. Населення зібрало кошти й відремонтувало його. Відступаючи, фашисти позривали двері й підлогу, постеливши ними заболочену дорогу для відступаючої німецької мотопіхоти, обозу, танків.

Вдруге відремонтували маркушівці церкву вже після Великої Вітчизняної війни. Звонарем церкви був Махинько Кузьма. Редич Феофан Лукич, церковний псаломщик, керував церковним хором. Не володіючи жодним інструментом, тільки за допомогою камертону, який завжди видавав одну й ту ж ноту "ля", він організував церковний хор. Старожили, усі, хто тепер залишився живим, пам’ятають вінчання в церкві молодих, особливо виконання хором "Многия, многия, многия лета…". Це було справжнім чудом для прихожан, а для тих, хто вінчався – посвяченням на вірність, повагу, взаєморозуміння, повагу до батьків. Церковними півчими були Маринич Григорій, Пушкарук Матвій Харитонович, Рощенюк Василь, Гаврилюк Олександр. Активними членами церковного хору були Олійник Людмила, Редич Олена, Зубрило Тетяна, Регалова Надія Пилипівна, Півторак Катерина Кузьмівна, Сінчук Ганна Петрівна, Осадчук Ганна, Півторак Тодосія, Пазюк Оксана.

В пасхальну ніч хор розташовувався на кліросі, акустика звучання співу над прихожанами надавала ритуалу урочистості, божественності.

Та сяк-так полагоджений у період окупації купол згодом не витримав і обвалився, а жителі села вже не були здатні організуватися, бо більшовицька боротьба з вірою в Бога та з самими віруючими зробила свою чорну справу: стати на захист релігії і церкви вже було нікому. Святиню перетворили в зерносховище, а невдовзі - у 1980 році - "внуки й правнуки погані" розікрали її на паливо. Зберігся лише великий хрест, який віднесла на кладовище нині покійна Анастасія Рощенюк.

На церковному кладовищі залишились останки тих, хто колись проводив церковну службу і був похований на території колишньої церкви. З ініціативи директора школи Л.М. Кир'яненко було відновлено зв'язки з колишнім вчителем історії В.Л. Редичем, який проживав в місті Ірпені Київської області, і знайдено документи, які засвідчують імена тих, хто був похований на церковному кладовищі. Не залишилися осторонь керівництво колгоспу та сільської Ради. Надана ними допомога дала можливість 2 травня 1992 року провести урочисте перепоховання останків на сільському цвинтарі. Службу проводив отець Михаїл із Бердичівської Свято-Троїцької церкви.

Редич В. Чудо-Михайлівська в Маркушах. // "Земля Бердичівська" від 21.11.1992 р.

Левшун Г. По-християнськи // "Радянський шлях", №40 від 16.05.1992 р.